Nhà thờ Chúa Hiển dung hay Biến hình (tiếng Nga: Церковь Преображения Господня) là công trình đáng chú ý nhất của Kizhi Pogost. Nhà thờ “Chúa biến hình” được dự định chỉ sử dụng trong mùa hè nên không có hệ thống sưởi ấm, mặc dù mùa đông ở Nga nổi tiếng giá rét. Nhà thờ “Chúa biến hình” được lắp đặt vào ngày 6 tháng 6 năm 1714 một năm sau khi nhà thờ cũ bị thiêu rụi do sét đánh. Tên của kiến trúc sư xây dựng cho đến nay vẫn chưa biết. Nhưng truyền thuyết kể rằng, kiến trúc này được xây dựng chỉ bằng một chiếc rìu duy nhất cho toàn bộ công trình, sau khi hoàn thành, người ta đã ném nó xuống hồ với dòng chữ khắc "không có và sẽ không thể có một thứ khác như vậy".[4][5]

Nhà thờ bao gồm 22 mái vòm với chiều cao 37 mét khiến nó trở thành một trong số những kiến trúc bằng gỗ cao nhất Bắc Nga và là nhà thờ bằng gỗ cao nhất thế giới. Chu vi của nhà thờ là 20*29 mét. Cấu trúc của nó dựa theo một nhà thờ 18 mái vòm được xây dựng trên bờ nam của hồ Onega được xây dựng vào năm 1708 và bị phá hủy bởi một trận hỏa hoạn vào năm 1963.[6] Theo truyền thống nghề mộc nước Nga trong thời gian đó, nhà thờ chỉ được xây dựng bằng gỗ và không sử dụng bất kỳ chiếc đinh nào.[7][8] Tất cả các cấu trúc đã được thực hiện bằng cách lắp ghép tra mộng với các lõi gổ theo chiều ngang, lồng khớp vào nhau ở các góc. Cấu trúc cơ bản của nó là một khung tám mặt cùng bốn sàn các mặt được gọi là “prirub”. Prirub phía đông có hình ngũ giác nơi có các bệ thờ. Hai cấu trúc nhỏ hình bát giác được đặt trên cấu trúc chính có hình dạng tương tự. Cấu trúc được bao phủ bởi 22 mái vòm có hình dạng và kích thước khác nhau trải dài từ đỉnh đến các mặt. Phòng ăn được bao phủ bởi ba mái dốc. Trong thế kỷ 19, nhà thờ được trang trí bằng các tấm gỗ, và một số bộ phận được bao bọc bằng thép. Sau đó nó đã được khôi phục như thiết kế ban đầu vào những năm 1950.[3][9]

Nhà thờ nằm trên một nền đá mà không hề có một móng sâu nào được đào, trừ lối đi phía tây có nền móng được xây dựng vào năm 1870. Mái nhà được làm bằng các tấm gỗ vân sam và mái vòm được phủ bằng gỗ cây dương lá rung. Thiết kế của cấu trúc siêu đẳng này cũng cung cấp một hệ thống thông gió hiệu quả để giúp duy trì tuổi thọ cho gỗ.

Bức tường linh ảnh có 4 cấp bao gồm 102 bức linh ảnh (tranh thánh) có niên đại từ nửa sau thế kỷ 18 đến nửa đầu thế kỷ 19. Các linh ảnh được chia thành 3 thời kỳ. Hai linh ảnh lâu đời nhất là về Chúa biến hình (tiếng Nga: четырёхъярусный) và "Pokrov" (tiếng Nga: Покров) có từ cuối thế kỷ 17 là biểu hiện của phong cách hội họa phương bắc. Các linh ảnh trung tâm là vào nửa sau thế kỷ 18 mang phong cách địa phương. Hầu hết các linh ảnh của ba tầng trên là của những năm cuối thế kỷ 18 mang từ nhiều nơi khác của nước Nga.[9]